I conflitti si presentano tipicamente quando lo stesso file o cartella vengono modificati in due spazi di lavoro differenti. (Poiché Rational Team Concert non possiede un'esplicita operazione di check out che dichiara l'intenzione di modificare una risorsa, non si viene avvertiti se si inizia la modifica di una risorsa già in via di modifica altrove). Possono presentarsi conflitti anche all'interno di un singolo spazio di lavoro se si sospende una serie di modifiche, si modifica uno dei file contenuti in essa e quindi si riprende il lavoro su di essa.
Rational Team Concert rileva potenziali conflitti nelle serie di modifiche in entrata e in uscita e li evidenzia nella schermata Modifiche in corso. La risoluzione di potenziali conflitti nelle serie di modifiche in entrata può essere posposta o evitata. Potenziali conflitti nelle serie di modifiche in uscita devono essere risolti, di solito accettando e risolvendo i conflitti nella serie di modifiche in entrata, prima che la serie di modifiche possa essere trasferita.
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