Rational Publishing Engine をアンインストール しても、ワークスペース・フォルダーは削除されません。これは、同じバージョンが再インストールされる場合、すべての設定が再使用できるように 保存されるためです。
Rational Tau を データ・ソースとして使用している場合は、フォルダー %TAU_HOME%/addins/RPE を 削除することで、Linux から 手動で Rational Tau アドインを アンインストールします。