В WebSphere Application Server версии 6 вы должны сначала удалить старую версию IMS TM, установить новую версию, а затем заново настроить все фабрики соединений.
Для того чтобы обновить версию IMS TM, не удаляя и перенастраивая все существующие фабрики соединений, воспользуйтесь функцией Обновить RAR в административной консоли WebSphere Application Server и обновите путь к классам соответствующим образом.